該鎮(zhèn)在解放前未形成獨立建制，清末至民國初年城區(qū)設(shè)四隅，1928年署區(qū)稱第一區(qū)，1947年稱魯城鎮(zhèn)，1948年12月稱城關(guān)區(qū)，1956年8月改稱城關(guān)鎮(zhèn)，1959年1月改稱兗州人民公社，1962年1月改稱城關(guān)人民公社，1984年5月改為城郊區(qū)，1986年12改為城郊鄉(xiāng)，月1994年9月，撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，命名新兗鎮(zhèn)。
2000年12月，泗莊鎮(zhèn)并入新兗鎮(zhèn)，稱新兗鎮(zhèn)。
2005年8月，濟寧高新區(qū)黃屯鎮(zhèn)稻營管區(qū)的東稻營、西稻營、楊廠、東張村、老府莊、金村六個村劃歸新兗鎮(zhèn)。
2007年8月2日，設(shè)立“山東兗州工業(yè)園區(qū)管理委員會”與新兗鎮(zhèn)實行鎮(zhèn)區(qū)合一管理。
2008年10月，劃出34個村保留51個村，沿用新兗鎮(zhèn)名稱與兗州新兗工業(yè)園合為一體。
2013年5月，初新兗鎮(zhèn)重新區(qū)劃調(diào)整，劃入大安鎮(zhèn)33個村和山拖社區(qū)。