黃屯街道原屬濟寧縣境（原濟寧任城區(qū)），1948年劃入滋陽縣（今兗州區(qū)）。
1962年初，兗州與曲阜分縣后，由原來的紅旗人民公社西部的黃屯、郭營和孫氏閘管區(qū)，幸福之路人民公社南部的廿十里鋪、稻營、南彭管區(qū)，共37個大隊新建公社，1966年5月改稱黃屯區(qū)，1968年又恢復人民公社，1972年將南彭管區(qū)劃給新建的紅星公社，1980年又改稱黃屯區(qū)，1986年撤區(qū)改鄉(xiāng)，1995年撤鄉(xiāng)改鎮(zhèn)，2003年劃歸濟寧高新區(qū)，2005年稻營管區(qū)6個村劃歸兗州市新兗鎮(zhèn)，2010年設立街道辦事處，沿用至今。