北宋設(shè)南陽鄉(xiāng)，屬單州魚臺縣，元代一度衰落為南陽村。
元至元十九年（1282）建京杭大運河南陽閘，因南陽村得名，明1278年，文天祥經(jīng)南陽鎮(zhèn)作《發(fā)魚臺》，稱南陽鎮(zhèn)周圍為泗郊鎮(zhèn)甸，1282年開濟(jì)州河時，建南陽閘。
1293年南北大運河通航后，南陽成為運河岸邊的重要商埠，元至順二年(1331)在與古老的泗水重合的京杭大運河上重建南陽閘。
從此，南陽便有了名氣。
到了明代中期，南陽已成為古運河畔四名鎮(zhèn)(另有夏鎮(zhèn)、鎮(zhèn)江、揚(yáng)州)之一，鎮(zhèn)名可見于嘉靖二十九年(1550)《重修正覺寺碑文》。
隆慶元年（1567）漕運新渠通航后，工商業(yè)日漸興盛，人口驟增，遂成重鎮(zhèn)。
清末鐵路和海運興起，內(nèi)河水路運輸逐步蕭條，隨著南陽湖的形成，南陽鎮(zhèn)成為四面環(huán)水的島嶼，仍以南陽鎮(zhèn)稱之。
1953年8月，由魚臺縣劃歸微山縣，屬八區(qū)，1956年9月復(fù)設(shè)南陽鎮(zhèn)。
1958年成立南陽人民公社，1965年字名南陽區(qū)，1969年復(fù)名南陽人民公社，1984年改稱南陽鎮(zhèn)。