原為牟平縣第六區(qū)、第八區(qū)轄地。
1941年，隸屬牟海行政公署第六區(qū)。
1942年，改為第十區(qū)。
1945年，名崖子區(qū)。
同年，西部馬石店等23村化為歸牙前縣，設(shè)馬石區(qū)。
1950年7月，復(fù)稱第十區(qū)。
1951年，區(qū)下設(shè)10鄉(xiāng)。
同年，第十五區(qū)5鄉(xiāng)并入。
1955年9月，復(fù)稱崖子區(qū)。
1956年，原15鄉(xiāng)合并為崖子、崮頭、鳳凰崖、北果子四鄉(xiāng)。
1957年7月，撤區(qū)，4鄉(xiāng)直接屬縣。
1958年7月-9月，崮頭，鳳凰崖、北果子3鄉(xiāng)相繼并入崖子鄉(xiāng)，成立崖子人民公社，12月，乳山縣建制撤銷，劃歸煙臺市。
1960年3月，改屬牟平縣。
1961年10月，重設(shè)乳山縣后，復(fù)歸乳山縣。
1969年7月，析17村置馬石店人民公社。
1984年3月，置崖子鎮(zhèn)。
2001年5月將馬石店鎮(zhèn)撤銷，并入崖子鎮(zhèn)至今。