建國(guó)前，鎮(zhèn)內(nèi)村莊除屯里、大胡村東西大街以北屬曲阜外，其余皆歸屬鄒縣管轄。
南部村莊屬土旺社，北部屬大胡社，東部屬魯源社。
民國(guó)時(shí)期為鄒縣二區(qū)。
1945年12月劃歸曲阜第五區(qū)。
1946年4月，曲泗縣第五區(qū)公所改稱曲阜縣第五區(qū)公所，機(jī)關(guān)駐南辛村。
1948年7月，鄒縣南辛區(qū)劃歸曲阜縣。
1949年為南辛區(qū)，下設(shè)13個(gè)鄉(xiāng)。
1950年8月，南辛區(qū)委改稱第五區(qū)委。
1955年5月又改為南辛區(qū)委。
區(qū)委駐南辛村。
1956年8月，南辛區(qū)下設(shè)南辛、魏莊、夏宋、息陬4個(gè)鄉(xiāng)。
1958年9月成立南辛人民公社。
原南辛區(qū)及所轄的南辛、魏莊鄉(xiāng)撤銷。
1965年8月，人民公社體制調(diào)整，原南辛人民公社改稱南辛區(qū)。
下設(shè)南辛、余村、魯源、曼山、魏莊5個(gè)公社。
1968年，區(qū)改為公社，原5個(gè)公社改稱生產(chǎn)管理區(qū)。
1970年成立尼山公社，1984年5月公社改區(qū)，南辛區(qū)轄南辛鎮(zhèn)、尼山鄉(xiāng)、曼山鄉(xiāng)。
1985年10月尼山鄉(xiāng)從南辛區(qū)劃出，列為縣直屬鄉(xiāng)，轄3個(gè)管理片、19個(gè)行政村。
1986年6月撤縣改市，南辛區(qū)改稱鎮(zhèn)，轄3個(gè)管理片、23個(gè)行政村。
2000年12月，鄉(xiāng)鎮(zhèn)規(guī)模調(diào)整，原尼山鄉(xiāng)、原南辛鎮(zhèn)合并組成新的南辛鎮(zhèn)，轄南辛、曼山、余村、庫(kù)西、庫(kù)南、庫(kù)北6個(gè)管理片，42個(gè)行政村。
2011年5月18日，經(jīng)山東省人民政府（魯政函民字〔2011〕18號(hào)文）批準(zhǔn)，將南辛鎮(zhèn)更名為尼山鎮(zhèn)至今。
2020年行政村建制優(yōu)化后轄29個(gè)村委會(huì)。