早在2500年前，孔村已是人口集聚、經(jīng)濟(jì)文化發(fā)達(dá)的地區(qū)，史料所載春秋時期孔子曾在孔村西山設(shè)“教書堂”講學(xué)，此山被命名為“孔子山”，山下村莊因山而得名“孔子村”，簡稱孔村；之前，孔村之域?qū)亵數(shù)?出處順治《平陰縣志》陳序二)，《古今地名大辭典》中標(biāo)注曾為“京茲”古城。
春秋中期和戰(zhàn)國初期曾屬齊，秦初屬東郡，后屬濟(jì)北郡。
西漢(公元前206至公元8)隸屬兗州泰山郡盧縣地(見《古盧杏壇村碑記》)。
東漢建武初置平陰縣，隋開皇十六年(596)置榆山縣，大業(yè)二年(606)復(fù)平陰縣。
孔村鎮(zhèn)機(jī)關(guān)駐地孔村村，歷代均在此設(shè)鄉(xiāng)、鎮(zhèn)（里）；有文字記載以來孔村鎮(zhèn)一直屬平陰縣管轄，其沿革均隨平陰縣的建制而變化。
孔村在抗日戰(zhàn)爭時期，屬二區(qū)、三區(qū)管轄，均是中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)下的游擊區(qū)。
1948年解放，成立聯(lián)防片(鄉(xiāng))，分別為陳屯鄉(xiāng)、前轉(zhuǎn)鄉(xiāng)、蔣溝鄉(xiāng)、杏壇鄉(xiāng)、峻峰鄉(xiāng)、環(huán)峪鄉(xiāng)、夥居樓鄉(xiāng)。
1950年建立孔村鄉(xiāng)政府(不含李溝)，下設(shè)4個小鄉(xiāng)，23個自然村。
1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)，合并為孔村鄉(xiāng)。
1958年成立人民公社時，孔村歸孝直人民公社，李溝歸玫瑰人民公社。
1962年由孝直人民公社、玫瑰人民公社分出孔村公社和李溝公社，分別設(shè)孔村人民公社和李溝人民公社。
1984年撤銷人民公社，設(shè)立孔村區(qū)，轄孔村鎮(zhèn)、陳屯鄉(xiāng)、李溝鄉(xiāng)、前大峪鄉(xiāng)，共46個行政村。
1985年9月，撤區(qū)并鎮(zhèn)，分別設(shè)孔村鎮(zhèn)、李溝鄉(xiāng)。
孔村鎮(zhèn)轄陳屯村等25個行政村，李溝鄉(xiāng)轄石板臺等21個行政村。
2005年李溝鄉(xiāng)并入孔村鎮(zhèn)，孔村鎮(zhèn)轄46個行政村。
至2017年轄1個社區(qū)和46個行政村至今。