1949年屬博平縣第五區(qū)。
1956年博平縣并入茌平縣，設(shè)為菜屯區(qū)。
1957年為菜屯鄉(xiāng)。
1958年成立菜屯人民公社。
1962年又恢復(fù)為菜屯區(qū)。
1971年撤區(qū)并社，將菜屯區(qū)的西紙坊頭、后陳莊、郭堤口、崔老莊、大朱5個(gè)自然村劃歸賈寨人民公社，李井范、乜堂、朱樓、蔣莊、許寨、王麻子、田莊、許莊8個(gè)自然村劃為肖莊人民公社，更名菜屯人民公社。
1984年7月，設(shè)為菜屯鎮(zhèn)。
2019年茌平撤縣設(shè)區(qū)，屬聊城市茌平區(qū)管轄至今。