自唐以來屬萊州府昌陽縣，明洪武二年（1369），改稱登州府萊陽縣芝山鄉(xiāng)；1930年改新區(qū)制，南墅鎮(zhèn)屬第七區(qū)：1935年廢區(qū)，改稱南墅鄉(xiāng)校，1941年萊東縣析出，南墅鎮(zhèn)唐家村以北劃為第九區(qū)，稱萌山區(qū)，以南劃為第八區(qū)，稱院上區(qū)，1952年兩區(qū)合并，稱一區(qū)，即南墅區(qū)，又稱萌山區(qū)，區(qū)治在南墅。
1958年春撤萌山區(qū)，建南墅鄉(xiāng)和河里吳家鄉(xiāng)兩處，1958年9月實行“政社合一”體制，兩鄉(xiāng)分稱為南墅人民公社和河里吳家人民公社，1959年7月再次合并，稱南墅人民公社。
1962年南墅人民公社析出10個自然村與馬連莊析出的39個自然村合并成立了唐家莊人民公社，1972年11月，河里吳家人民公社復(fù)由南墅人民公社析出，1984年4月，撤銷“政社合一”體制。
兩人民公社分別改稱南墅鎮(zhèn)和河里吳家鄉(xiāng)，2001年1月區(qū)劃調(diào)整，原唐家莊鎮(zhèn)西部的17個自然村與南墅鎮(zhèn)，河里吳家鄉(xiāng)合并，為南墅鎮(zhèn)。