春秋、戰(zhàn)國(guó)時(shí)為冠氏邑（治所在今東古城鎮(zhèn)東古城）、黃邑（治所在今梁堂鄉(xiāng)黃城），先后屬晉國(guó)、魏國(guó)、趙國(guó)。
秦代東部屬東郡，西部屬邯鄲郡。
西漢、東漢屬冀州魏郡。
三國(guó)屬魏國(guó)冀州陽(yáng)平郡；西晉屬司州陽(yáng)平郡。
十六國(guó)先后屬后趙、前燕、前秦、北魏的司州和中州陽(yáng)平郡、冀州貴鄉(xiāng)郡、晉州和相州的陽(yáng)平郡；南北朝時(shí)先后屬北魏相州陽(yáng)平郡、東魏司州陽(yáng)平郡、北周毛州陽(yáng)平郡；隋代初屬毛州。
此前均為館陶縣地域。
隋開(kāi)皇六年（586）始設(shè)冠氏縣。
隋大業(yè)二年（606），毛州廢，冠氏縣改屬武陽(yáng)郡。
唐代，唐武德五年（622）復(fù)置毛州，遂再屬毛州，貞觀元年（627）統(tǒng)一設(shè)道，屬河北道魏州魏郡。
五代時(shí)先后屬后梁和后唐的魏州、后晉的廣晉府、后漢和后周的大名府。
北宋時(shí)改道為路，屬河北東路大名府。
金代，屬大名府路大名府。
元初屬東平路。
至元六年（1269），冠氏縣升為冠州，直隸中書(shū)省。
明代，明洪武三年（1370），降州為縣，改稱冠縣，此為冠縣定名之始，屬山東布政使司東兗道東昌府。
清代，冠縣屬山東省濟(jì)東泰武臨道東昌府。
1928年道廢，直屬山東省。
1937年屬山東省第六行政督察區(qū)。
1940年5月，建立冠縣抗日民主政府，先后屬魯西第三專區(qū)、冀魯豫第三專區(qū)、晉冀魯豫邊區(qū)第十八專區(qū)、冀南行政區(qū)第七專區(qū)、冀魯豫行政區(qū)第七專區(qū)。
1945年8月，冠縣與永智縣合并稱永智縣。
同年12月，恢復(fù)冠縣建制，1949年8月，屬平原省聊城專區(qū)。
1952年12月，撤銷平原省，冠縣改屬山東省聊城專區(qū)。
1967年屬聊城專區(qū)。
1997年8月屬地區(qū)級(jí)聊城市。