金代以前，三莊境內的行政區(qū)劃，無史料可考。
元代設巡檢司，明、清代屬觀蘭鄉(xiāng)，民國元年設立三莊區(qū)，建國后因之。
1958年1月撤區(qū)，建三莊鄉(xiāng)。
同年8月成立幸福人民公社。
1963年恢復三莊區(qū)，轄8處公社。
1971年3月分為三莊、豎旗山兩個人民公社。
1985年，改三莊人民公社為三莊鎮(zhèn)，轄36個行政村；改豎旗山人民公社為豎旗山鄉(xiāng)，轄26個行政村。
1992年12月7日國務院批準建立縣級行政區(qū)，同時建立東港區(qū)三莊鎮(zhèn)人民政府，轄36個行政村，4.4萬人。
2000年12月將原豎旗山鄉(xiāng)劃為三莊鎮(zhèn)，至此三莊鎮(zhèn)轄62個行政村。