漢置東阿縣，屬東郡。
三國(guó)時(shí)期為魏地，隸屬同漢。
西晉屬濟(jì)北國(guó)，東晉改國(guó)為郡，東阿屬之。
南北朝時(shí)期，因南北分裂，政權(quán)迭易，457年，東阿并入谷城縣。
后魏，恢復(fù)東阿縣；北齊省谷城，入東阿，屬濟(jì)州。
隋朝，東阿屬兗州濟(jì)北郡。
唐武德四年（621），屬濟(jì)州，隸河南道；天寶元年（742），更州為郡，隸濟(jì)陽(yáng)郡，同年恢復(fù)谷城縣；天寶十三年（754），改屬鄆州東平郡；大歷元年（766），鄆州改為淄青道，東阿屬之；元和十四年（819）鄆州屬天平郡，東阿隨之改隸。
五代十國(guó)時(shí)期，東阿屬鄆州天平節(jié)度使。
宋初，屬京東路；慶歷元年（1041），置西路安撫使，東阿隨郡改隸；雍正十三年（1735），改屬泰安府。
1914年?yáng)|阿隸山東東臨道；1928年，廢道直隸山東省府；1937年1月屬山東省第一行政督察區(qū)。
1940年，東阿縣抗日民主政府建立后，初屬魯西北行政委員會(huì)（專區(qū)級(jí)）；同年4月屬魯西行政區(qū)運(yùn)東專區(qū)（同年11月改為魯西第四專區(qū)）。
1941年7月屬冀魯豫第四(運(yùn)東)專區(qū)（9月改稱晉冀魯豫邊區(qū)第十九專區(qū)）。
1943年初屬晉冀魯豫邊區(qū)第十六（泰運(yùn)）專區(qū)。
1946年11月，東阿縣屬冀魯豫第六（運(yùn)東）專區(qū)。
1949年8月，東阿屬平原省平原省聊城專區(qū)。
1952年11月，平原省撤銷，東阿隨聊城專區(qū)改屬山東省。
1958年12月，東阿建制撤銷，各公社分別并入壽張、茌平縣；1961年10月，恢復(fù)東阿縣，其隸屬未變。
1967年，專區(qū)改為地區(qū)，東阿屬聊城地區(qū)。
1997年8月，屬山東省聊城市至今。