1930年互助建縣，1949年9月12日，互助縣解放，隸屬青海省人民政府。
1953年改設(shè)互助土族自治區(qū)，1955年改為互助土族自治縣，1960年劃歸西寧市，1962年復(fù)歸省直轄，1978年劃歸海東地區(qū)。
1960年4月5日至1961年8月，互助縣隸屬西寧市。
1961年8月15日至1978年9月，為青海省直屬縣。
1978年10月19日，青海省成立海東行署，互助縣隸屬海東行署，2013年2月，海東行署撤銷后設(shè)立地級海東市，互助縣屬之。
2000年，互助土族自治縣轄1個鎮(zhèn)、16個鄉(xiāng)、4個民族鄉(xiāng)。
2001年3月19日，青海省人民政府撤銷高寨回族鄉(xiāng)、加定藏族鄉(xiāng)、南門峽鄉(xiāng)和丹麻鄉(xiāng)，分別設(shè)立高寨鎮(zhèn)、加定鎮(zhèn)、南門峽鎮(zhèn)和丹麻鎮(zhèn)。
2001年底，互助土族自治縣轄5個鎮(zhèn)、14個鄉(xiāng)、2個民族鄉(xiāng)，2個社區(qū)、295個村(牧)委會。
2006年，互助土族自治縣行政區(qū)劃調(diào)整為撤消沙塘川鄉(xiāng)和雙樹鄉(xiāng)，設(shè)立塘川鎮(zhèn);撤消邊灘鄉(xiāng)，并入林川鄉(xiāng)。
2006年8月，互助縣撤銷邊灘鄉(xiāng)，并入林川鄉(xiāng);撤銷五十鄉(xiāng)，設(shè)立五十鎮(zhèn);撤銷五峰鄉(xiāng)，設(shè)立五峰鎮(zhèn);撤銷雙樹鄉(xiāng)、沙塘川鄉(xiāng)，合并設(shè)立塘川鎮(zhèn)。