漢代時(shí)期，羌族在此居住，曾建立若羌國(guó)。
西晉時(shí)期，為吐谷渾屬地。
隋大業(yè)五年（609年），隸屬部善郡。
唐龍朔三年（663年）后，屬吐蕃國(guó)轄地。
宋代時(shí)期，為撒里畏兀兒屬地。
明朝正德七年（1512年）后，屬蒙古族諸部轄地。
清朝雍正三年（1725年），為青海蒙古族左翼盟和碩特部西右中旗（俗稱臺(tái)吉乃旗）雜斯陶海牧地。
民國(guó)三十五年（1946年），屬都蘭縣。
中華人民共和國(guó)建立后，隸屬茫崖工委、茫崖鎮(zhèn)。
1984年12月26日，設(shè)立花土溝鎮(zhèn)。
1985年3月1日，成立花土溝鎮(zhèn)。
2006年，將尕斯鄉(xiāng)并入花土溝鎮(zhèn)。