1990年10月，寧夏南部山區(qū)西吉、海原兩縣的1000多戶百姓，搬遷到首府銀川市近郊的永寧縣境內(nèi)，建立玉泉營、玉海經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)，這是閩寧的前身，他們也是閩寧鎮(zhèn)的第一代移民。
1997年，在寧夏回族自治區(qū)永寧縣西部一個叫玉泉營的地方，茫茫戈壁、連綿沙丘。
同年4月，時任福建省委副書記、福建省對口幫扶寧夏領(lǐng)導(dǎo)小組組長習(xí)近平帶隊來到寧夏考察，閩寧兩省區(qū)負(fù)責(zé)同志共同商定，要在這里組織實施閩寧對口扶貧協(xié)作，建設(shè)一個移民示范區(qū)，這個地方被命名為“閩寧村”。
2002年2月，以原永寧縣閩寧經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)設(shè)立閩寧鎮(zhèn)。
2003年7月，玉海經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)并入，閩寧鎮(zhèn)正式成立。