戰(zhàn)國時(shí)期屬秦國地。
秦統(tǒng)一后置富平縣。
西漢時(shí)置靈洲縣。
北魏時(shí)屬薄骨律鎮(zhèn)。
后改屬靈州。
北周屬回樂縣。
隋唐時(shí)屬靈州。
宋咸平五年（1002），改靈州為西平府，并為西夏國時(shí)的臨時(shí)首都，后又改稱靈州。
元代屬寧夏府路靈州。
明代屬陜西布省寧夏鎮(zhèn)下的靈州守御千戶所。
清代屬甘肅省寧夏府靈州。
清同治十一年(1872)甘肅省寧夏府寧靈廳。
1913年，改靈州為靈武縣時(shí)，今吳忠市除原金積縣所轄部分外，均屬靈武縣，隸屬寧夏道。
1929年，寧夏道建為寧夏省。
1950年2月，靈武縣析置吳忠市，旋即改置吳忠鎮(zhèn)（縣級(jí)），省直轄。
當(dāng)年10月，復(fù)置省轄吳忠市。
1954年4月，寧夏省河?xùn)|回族自治區(qū)成立，吳忠市歸其管轄。
1954年秋，寧夏省并入甘肅省，寧夏省河?xùn)|回族自治區(qū)改為甘肅省河?xùn)|回族自治區(qū)，次年又改為甘肅省吳忠回族自治州。
1958年，寧夏回族自治區(qū)成立，吳忠回族自治州撤銷，吳忠市直屬自治區(qū)管轄。
1960年10月，全市劃分為吳忠、紅旗、東風(fēng)3個(gè)人民公社。
1963年，改置為吳忠縣。
1972年，銀南地區(qū)成立，吳忠縣歸屬其管轄。
1983年，撤銷吳忠縣，恢復(fù)吳忠市（縣級(jí)）。
1984年3月，所有公社改為鄉(xiāng)。
1998年5月11日，設(shè)立地級(jí)吳忠市，吳忠市新設(shè)利通區(qū)。