1988年底，惠農(nóng)縣增設馬家灣鎮(zhèn)，駐馬家灣村。
1989年1月5日，劃原廟臺鄉(xiāng)通豐村第五、七、八3個村民小組，設立惠農(nóng)縣馬家灣鎮(zhèn)馬家灣村。
2003年7月22日，全縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整，由原來的馬家灣鎮(zhèn)、紅果子鎮(zhèn)、下營子鄉(xiāng)合并組成了新的紅果子鎮(zhèn)，隨之成立惠農(nóng)縣紅果子鎮(zhèn)馬家灣村村民委員會。
2004年縣區(qū)合并改為惠農(nóng)區(qū)紅果子鎮(zhèn)馬家灣村村民委員會。
2017年，村委會辦公地點由消防隊旁搬遷至廟臺鄉(xiāng)政府東側原市場院內(nèi)。