隋唐時，先后屬他樓縣和蕭關縣。
北宋，設蕭關（遺址在今高崖鄉(xiāng)草場村南），下轄通關堡（遺址在今高崖鄉(xiāng)高崖村）、臨川堡（遺址在今高崖鄉(xiāng)紅古村北）、西山堡（在今同心縣興隆鄉(xiāng)西山洼村），隸屬懷德軍。
金時，升蕭關為蕭鎮(zhèn)，屬原州（治臨涇，在今甘肅鎮(zhèn)原南）。
明時，設紅古城（古蕭關舊址），轄墩臺14座，屬固原州。
清時，設紅古堡（遺址在今高崖鄉(xiāng)紅古村西），隸屬海城縣。
民國二十四年（1935年），設清河鄉(xiāng)（治紅古堡）；同年，裁鄉(xiāng)設第五區(qū)公所（治紅古堡）。
民國二十五年（1936年），紅軍西征軍解放鄉(xiāng)境，曾設立高崖鄉(xiāng)，隸屬陜甘寧邊區(qū)豫�？h回民自治政府。
民國二十六年（1937年），原第五區(qū)改為第四區(qū)。
民國二十九年（1940年），設立高崖鎮(zhèn)。
民國三十八年（1949年）8月，設立高崖區(qū)公署。
1952年10月，高崖區(qū)改為第四區(qū)。
1953年4月，第四區(qū)改為第五區(qū)。
1958年10月，撤銷區(qū)鄉(xiāng)，設立高崖公社。
1984年1月，高崖公社改為高崖鄉(xiāng)。