早在原始社會(huì)新石器時(shí)代，就有人類在旗境內(nèi)繁衍生息。
商周至秦漢時(shí)期，屬東胡人的牧場(chǎng)。
漢朝至?xí)x朝時(shí)期，系烏桓、鮮卑人住地。
南北朝至隋唐時(shí)期，為契丹住地。
遼朝時(shí)期，為北大王擦喇之牧地，契丹人居住。
金朝時(shí)期，金界壕以南為北京路，女真人居住。
元朝時(shí)期，屬上都路。
北元至明朝時(shí)期，歸于烏梁海三衛(wèi)占地。
明嘉靖三十九年（1560年），內(nèi)喀爾喀五部，征服三衛(wèi)之一的公寧衛(wèi)，附屬于察哈爾部。
烏巴什繼承其父和爾朔齊哈薩爾諾顏之位，自稱偉徵諾顏，駐牧于泰寧東部。
對(duì)所管轄的部號(hào)稱扎魯特，從此“扎魯特部”這一名稱開始載于史冊(cè)。
后金天聰二年（1628年），歸屬后金。
天聰五年（1631年），皇太極為了更好地利用科爾沁部和扎魯特部的勢(shì)力，對(duì)蒙古地區(qū)開始實(shí)行軍政令統(tǒng)一的旗（和碩）佐領(lǐng)（蘇木）制度。
至此，扎魯特部在行政和軍事上，失去了傳統(tǒng)的自主權(quán)力。
天聰十年（1636年），后金改國號(hào)名為清，整個(gè)內(nèi)蒙古49個(gè)旗完全置于清王朝的直接統(tǒng)治之下。
清順治五年（1648年），清廷追封內(nèi)齊為多羅貝勒，并由內(nèi)齊之子桑嘉布繼承其父多羅貝勒爵位，占有扎魯特部原有牧地和部眾，賦予扎魯特旗札薩克之職，世襲罔替。
同年，清廷又追封色本為多羅達(dá)爾汗貝勒，由色本次子桑噶爾繼承其父多羅達(dá)爾汗貝勒爵位，從扎魯特部劃出一部分牧地和部眾據(jù)其所有，賦予扎魯特旗札薩克之職，世襲罔替，所領(lǐng)的牧地為扎魯特右翼旗。
自此，原為一體的扎魯特部，分為并立的扎魯特左翼和右翼兩個(gè)行政旗，旗以上設(shè)盟，扎魯特左右二旗屬昭烏達(dá)盟。
中華民國建立后，基本上沿襲清廷的行政體制，原理藩院改為蒙藏院，其下屬機(jī)構(gòu)如故。
直奉軍閥之間混戰(zhàn)之際，為在蒙古地區(qū)擴(kuò)展勢(shì)力，把熱河作為前沿陣地，袁世凱委托熱河都統(tǒng)（后改稱省長）直接掌握和監(jiān)督昭烏達(dá)盟管轄下的各旗縣事務(wù)，設(shè)縣和沒治局，著手開發(fā)墾殖蒙地，大抓財(cái)政稅收，以補(bǔ)充戰(zhàn)亂所需的大筆開支。
民國十二年（1923年）12月27日，熱河都統(tǒng)委任高義山為魯北沒治委員兼?zhèn)潢?duì)統(tǒng)領(lǐng)官。
民國十三年（1924年），高義山正式建魯北沒治局（魯北縣），在扎魯特左右二旗的領(lǐng)地上，出現(xiàn)了旗縣分治的局面。
縣管開墾區(qū)，旗管未開墾區(qū)。
旗縣同時(shí)存在，縣居旗之上。
民國二十二年（1933年）5月，偽滿洲國在熱河省昭烏達(dá)盟西拉木倫河以北地區(qū)，設(shè)置興安西分�。ㄊ�(huì)開魯），扎魯特左右二旗歸興安西分省管轄，廢除魯北縣置。
民國二十三年（1934年）11月，興安西分省，改為興安西省。
民國二十四年（1935年）4月，偽滿洲國政府下令，原扎魯特左右二旗合并為一個(gè)扎魯特旗，旗公署指定在魯北。
民國三十四年（1945年）8月15日，日本無條件投降，偽滿洲國垮臺(tái)。
同年11月，扎魯特旗成立臨時(shí)政府。
民國三十五年（1946年）1月，東蒙古自治政府成立。
同年3月，扎魯特旗建立自治政府，隸屬于昭烏達(dá)省政府。
1946年承德“四·三”會(huì)議以后，明確了中國共產(chǎn)黨對(duì)內(nèi)蒙古自治運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)導(dǎo)，撤銷東蒙古自治政府，中共昭烏達(dá)省改稱昭烏達(dá)盟行政委員會(huì)，隸屬熱河省，扎魯特旗自治政府改為扎魯特旗民主政府。
同年8月，中共昭烏達(dá)盟委員會(huì)組成扎魯特旗工作委員會(huì)，到扎魯特旗開展工作。
民國三十六年（1947年）5月，扎魯特旗劃歸遼吉省哲里木盟。
同年7月，成立扎魯特旗政府。
民國三十七年（1948年）8月，遼吉省撤銷后，隸屬于遼北省哲里木盟。
民國三十八年（1949年）4月，隨哲里木盟劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)管轄。
1949年10月1日，改為扎魯特旗人民政府。
1953年6月，哲盟撤銷，歸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)東部區(qū)行署。
1954年4月20日，東部區(qū)行署撤銷，復(fù)隸屬于新恢復(fù)的哲里木盟。
1969年7月1日，扎魯特旗同哲里木盟劃歸吉林省。
1979年7月1日，扎魯特旗同哲里木盟劃回內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1999年2月，撤銷哲里木盟改設(shè)地級(jí)通遼市，扎魯特旗由通遼市管轄，旗黨政機(jī)關(guān)駐魯北鎮(zhèn)。