戰(zhàn)國(guó)趙武靈王二十六年（前300年），區(qū)境是趙國(guó)九原（今麻池古城遺址）的轄境。
秦朝時(shí)期，區(qū)境屬秦九原郡管轄，郡治九原縣（今麻池古城，一說(shuō)三頂賬房古城，一說(shuō)孟家梁古城）。
九原郡轄境相當(dāng)于今巴彥淖爾市的臨河區(qū)和五原縣、今鄂爾多斯市的達(dá)拉特旗和杭錦旗[20]，以及今包頭市九原區(qū)所轄范圍。
西漢元朔二年（前127年），區(qū)境屬五原郡管轄且是五原郡政治、經(jīng)濟(jì)中心，此前區(qū)境一度為匈奴轄境。
新朝（8—23年），改五原郡為獲降郡，區(qū)境為獲降郡所轄。
九原縣為成平縣、五原縣為填河亭、固陽(yáng)縣為固陰縣、臨沃縣為振武縣。
東漢建武元年至建安二十年（25—215年），區(qū)境仍歸五原郡管轄；建安二十年至建安二十四年（215—219年），區(qū)境為新興郡管轄。
建安二十五年（220年），鮮卑拓跋部在首領(lǐng)力微率領(lǐng)下入居五原郡西晉，區(qū)境為鮮卑人牧地。
東晉時(shí)期，鮮卑人曾兩度建國(guó)。
咸康四年至太元元年（338—376年），拓跋首領(lǐng)什翼鍵建立代國(guó)（所轄范圍相當(dāng)于今內(nèi)蒙古中部和晉北地區(qū)），區(qū)境是代國(guó)的一部分。
太元十一年（386年），鮮卑拓跋建立北魏，定都盛樂(lè)（今呼和浩特市的和林格爾縣北土城子），區(qū)境成為北魏轄地。
北魏延和元年（432年），拓跋燾在陰山設(shè)置六鎮(zhèn)，以防柔然侵入，區(qū)境位于六鎮(zhèn)之一懷朔鎮(zhèn)的南部。
正光五年（524年），懷朔鎮(zhèn)改為朔州，區(qū)境為朔州管轄。
隋開(kāi)皇元年至五年（581—585年），區(qū)境為隋五原郡轄境。
之后，區(qū)境一直為突厥族的牧地。
唐景龍二年（708年）后，歸唐關(guān)內(nèi)道豐州中受降城（今敖陶窯子古城）管轄。
宋朝時(shí)期，區(qū)境大部歸西夏（1032—1227年）黑山威福軍司管轄。
元朝時(shí)期，區(qū)境歸大同路云內(nèi)州管轄。
明洪武元年至宣德十年（1368—1435年），區(qū)境歸明東勝衛(wèi)管轄。
宣德十年（1435年）至明亡，區(qū)境為蒙古土默特部的牧場(chǎng)。
清朝時(shí)期，區(qū)境分屬土默特右翼旗、烏拉特前旗、烏拉特中旗、烏拉特后旗管轄。
同時(shí)，區(qū)境還先后受歸化城（今呼和浩特舊城）、薩拉齊廳、五原廳節(jié)制。
境內(nèi)出現(xiàn)一地二治、蒙漢分理的格局。
民國(guó)元年至十二年（1912—1923年），境內(nèi)改廳為縣，其余仍沿襲清朝建置。
民國(guó)十二年至十五年（1923—1926年），區(qū)境大部由包頭設(shè)治局管轄，東部仍由薩拉齊縣節(jié)制。
民國(guó)十五年至二十六年（1926一1937年），區(qū)境大部受包頭縣節(jié)制，最東部仍由薩拉齊縣管轄。
民國(guó)二十六年至三十四年（1937一1945年），區(qū)境歸日偽包頭市和日偽薩拉齊縣管轄。
民國(guó)三十四年（1945年）8月15日，日本無(wú)條件投降后，區(qū)境復(fù)歸國(guó)民政府包頭市政務(wù)委員會(huì)和薩拉齊縣管轄。
民國(guó)三十五年（1946年），綏遠(yuǎn)省政府撤銷包頭市政務(wù)委員會(huì)，分設(shè)包頭市和包頭縣。
民國(guó)三十五年（1946年）2月至1949年12月，區(qū)境分屬包頭市、包頭縣、薩拉齊縣管轄。
1950年3月25日，區(qū)分屬包頭市、包頭縣、薩拉齊縣管轄。
1953年，綏遠(yuǎn)省人民政府撤銷包頭縣建置，設(shè)立包頭市人民政府郊區(qū)臨時(shí)工作委員會(huì)為包頭市人民政府的派出機(jī)構(gòu)。
同年10月5日，區(qū)境屬包頭市人民政府郊區(qū)臨時(shí)工作委員會(huì)管轄，境內(nèi)始單獨(dú)設(shè)置。
1954年5月，包頭市人民政府郊區(qū)臨時(shí)工作委員會(huì)被撤銷，設(shè)立包頭市人民政府郊區(qū)工作委員會(huì)，仍為包頭市人民政府的派出機(jī)構(gòu)。
1957年1月16日，包頭市人民政府郊區(qū)工作委員會(huì)被撤銷，設(shè)立包頭市郊區(qū)人民委員會(huì)，為一級(jí)政權(quán)機(jī)構(gòu)。
1960年4月，包頭市郊區(qū)建置被撤銷，區(qū)境分屬昆都侖區(qū)、青山區(qū)、東河區(qū)和石拐礦區(qū)管轄。
1963年5月1日，經(jīng)內(nèi)蒙古自治區(qū)人民委員會(huì)批準(zhǔn)，恢復(fù)包頭市郊區(qū)建置，設(shè)立包頭市郊區(qū)人民委員會(huì)。
1968年2月，改稱包頭市郊區(qū)革命委員會(huì)。
1980年1月，撤銷包頭市郊區(qū)革命委員會(huì)，改稱包頭市郊區(qū)人民政府。
1999年8月10日，民政部批復(fù)同意將包頭市郊區(qū)更名為包頭市九原區(qū)。
2000年1月1日，包頭市郊區(qū)正式改稱包頭市九原區(qū)。