民國十三年（1924年），集寧設(shè)制后，馬蓮渠鄉(xiāng)轄區(qū)屬第一區(qū)的德恒鄉(xiāng)。
1951年08月，屬平地泉鎮(zhèn)。
1953年，南河渠行政村改為勝利鄉(xiāng)，李化溝行政村改為西郊鄉(xiāng)，中心旗的3個自然村劃歸西郊鄉(xiāng)（后改為納森格勒鄉(xiāng)），集寧縣的7個自然村劃歸勝利鄉(xiāng)。
1958年，勝利鄉(xiāng)并入納森格勒鄉(xiāng)。
1959年，屬平地泉公社。
1961年12月，平地泉公社分出馬蓮渠公社。
1967年，改為紅衛(wèi)公社。
1984年02月，改為馬蓮渠鄉(xiāng)。
2006年05月，黃家村鄉(xiāng)六號渠、三成局、大十號、師家村、三股泉、大三號、四股泉、郭亮村和合義永9個村民委員會劃歸馬蓮渠鄉(xiāng)。