額爾古納是蒙古語(yǔ)“捧呈、遞獻(xiàn)”之意，后又逐漸把它修飾為“奉獻(xiàn)”之意。
隋唐時(shí)期，室韋就成為呼倫貝爾部分部落駐地，唐代曾設(shè)室韋都督府進(jìn)行管轄。
南宋開(kāi)禧二年（1206年），為成吉思汗的二弟合撒兒的領(lǐng)地，黑山頭古城就是他們居住的主要城池。
明成祖永樂(lè)元年至宣德八年（1403～1433年），明朝先后設(shè)置堅(jiān)河衛(wèi)（今額爾古納市、根河市），隸屬奴兒干都司。
[25]清雍正五年（1727年），清王朝在額爾古納河流域設(shè)置了“卡倫”，管理邊務(wù)和內(nèi)政一直延續(xù)到民國(guó)時(shí)期。
民國(guó)九年（1920年），建室韋縣和奇乾設(shè)治局；民國(guó)十年（1921年），設(shè)奇乾設(shè)治局為奇乾縣；民國(guó)二十二年（1933年），偽滿洲國(guó)改室韋縣和奇乾縣為額爾古納左翼旗和額爾古納右翼旗；民國(guó)三十七年（1948年），合為額爾古納旗，人民政府設(shè)在三河鎮(zhèn)。
1966年1月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤消額爾古納旗，分設(shè)左右兩旗，并將1961年劃給陳巴爾虎旗的三河、上庫(kù)力、拉布達(dá)林劃回額爾古納右旗。
1975年，旗政府遷至拉布大林。
1994年，國(guó)務(wù)院同意撤銷額爾古納右旗，設(shè)立額爾古納市（縣級(jí)），以原額爾古納右旗的行政區(qū)域?yàn)轭~爾古納市的行政區(qū)域。