巴爾虎最早的記載出現(xiàn)在唐貞觀二十一年（647年），古稱“拔野古”。
唐開元二十年（732年），唐朝在今貝爾湖畔建立了以巴爾虎人為主的幽陵都督府。
清康熙年間，有一部分巴爾虎蒙古人被編入八旗，駐牧在大興安嶺以東布特哈廣大地區(qū)，還有一部分成為喀爾喀蒙古（今蒙古）諸部的屬部。
清雍正十年（1732年），清政府將包括索倫（今鄂溫克）、達(dá)斡爾、鄂倫春族和巴爾虎蒙古族士兵及家屬3796人遷駐呼倫貝爾牧區(qū)，以防俄人侵?jǐn)_。
其中275名巴爾虎蒙古人便駐牧在今陳巴爾虎旗境內(nèi)。
清雍正十二年（1734年），清政府又將在喀爾喀蒙古車臣汗部志愿加入八旗的2400多名巴爾虎蒙古人遷駐克魯倫河下游和呼倫湖兩岸即今新巴爾虎左右兩旗境內(nèi)。
從喀爾喀蒙古車臣汗部遷來的則相對被稱為“新巴爾虎”，即“新來的巴爾虎蒙古人”之意。
新巴爾虎蒙古人居住在新巴爾虎左旗和新巴爾虎右旗。
民國八年（1919年），建陳巴爾虎旗。
民國三十五年（1946年）11月1日，陳巴爾虎旗隸屬呼倫貝爾地方自治政府。
民國三十七年（1948年）1月，隸屬呼倫貝爾盟。
民國三十八年（1949年）4月，屬呼倫貝爾納文慕仁盟。
1955年，屬呼倫貝爾盟。
1967年7月5日，陳巴爾虎旗隨呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省管轄。
1979年5月30日，劃回內(nèi)蒙古自治區(qū)，仍屬呼倫貝爾盟管轄。