清順治年間設(shè)旗。
科爾沁，為明代蒙古族部落名，意為“帶弓箭的近衛(wèi)軍”。
阿魯，意為“山陰”、“北”，因該部曾駐牧杭愛山之北，故名。
春秋戰(zhàn)國、秦漢時代，先后屬東胡、匈奴、烏桓、鮮卑地。
隋唐時期，為契丹游牧地。
遼代為上京道烏州。
金代，為泰州屬北京路。
元代為遼王耶律留哥的封地。
明代，初為潢水兀良哈地泰寧衛(wèi)領(lǐng)轄，明嘉靖二十五年（1546年），游牧于額爾古納河、海拉爾河呼倫貝爾湖一帶的阿魯科爾沁部昆都倫岱青率部遷居，始名阿魯科爾沁，意即北方弓箭手。
明嘉靖四十三年至崇禎三年（1546－1630年），隸屬于“北元”察哈爾部。
于后金天聰四年（1630年）歸順后金。
后金天聰八年（明崇禎七年，1634年）分封蒙古諸藩牧地于此地，阿魯科爾沁部設(shè)前后兩旗，崇德元年并為一旗，稱阿魯科爾沁旗。
崇德四年（1639年），隸屬于昭烏達(dá)盟，由熱河都統(tǒng)節(jié)制。
民國前期，隸屬熱河省。
民國22年（1933年）7月，阿魯科爾沁旗淪陷，劃歸偽滿興安西省。
1942年，隸屬偽滿興安總省。
1945年8月15日日本侵略者戰(zhàn)敗投降，8月16日，阿魯科爾沁旗得到解放，結(jié)束日本侵略者12年殘酷統(tǒng)治。
1945年10月，阿魯科爾沁旗人民政府成立，隸屬熱河省。
1946年6月10日，中共阿魯科爾沁旗委員會成立。
1949年5月20日，阿魯科爾沁旗劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1969年8月1日，隨昭烏達(dá)盟劃歸遼寧省。
1979年7月1日，劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。