阿拉善地區(qū)是遠(yuǎn)古人類的發(fā)祥地之一，阿拉善右旗雅布賴山洞穴彩噴手印巖畫和阿拉善左旗大量細(xì)石器文化遺存的發(fā)現(xiàn)，證明阿拉善地區(qū)從舊石器時(shí)代就有人類活動(dòng)。
原始社會(huì)末期、奴隸社會(huì)時(shí)期，弱水流域、居延海畔就有殷商周朝先民生活的足跡。
秦始皇統(tǒng)一六國(guó)后，在阿拉善地區(qū)東北部始設(shè)北地郡。
漢代，阿拉善地區(qū)分屬北地、武威、張掖三郡管轄。
漢武帝太初三年（前102年），征發(fā)兵卒18萬(wàn)到河西戍邊屯田，北置居延、休屠兩縣。
漢宣帝本始元年（前73年），居延縣隸屬?gòu)堃纯す芾怼?/p>
東漢光武帝元年（25年），改置“張掖居延屬國(guó)”。
東漢獻(xiàn)帝興平二年（195年），設(shè)西�？�，轄居延一縣。
魏晉南北朝時(shí)期，魏國(guó)和西晉續(xù)設(shè)西�？�。
北魏時(shí)，阿拉善地區(qū)為涼州所轄，北魏道武帝登國(guó)元年（386年），氐族人呂光建立后涼政權(quán)，領(lǐng)居延縣。
北魏孝明帝正光二年（521年），居延古都屬柔然婆羅門領(lǐng)地。
隋朝至唐代初期，阿拉善地區(qū)屬甘州、肅州，也曾為突厥貴族所據(jù)。
唐朝垂拱二年（686年），唐王朝一度曾將“安北都護(hù)府”從漠北遷至漠南，都護(hù)府治所在同城，即今額濟(jì)納旗境內(nèi)。
唐玄宗天寶二年（743年），唐王朝設(shè)寧寇軍，統(tǒng)領(lǐng)居延軍務(wù)。
“安史之亂”時(shí)，河西走廊被吐蕃切斷，居延地區(qū)成為長(zhǎng)安通往西域的“草原絲綢北道”。
之后，居延地區(qū)先后為吐蕃、回鶻、契丹部所據(jù)。
北宋寶元元年（1038年），西夏建國(guó)時(shí)設(shè)12監(jiān)軍司，賀蘭山沿線守軍5萬(wàn)人。
在居延地區(qū)設(shè)置“黑水鎮(zhèn)燕軍司”，治所為今額濟(jì)納旗黑城。
元朝設(shè)亦集乃路，屬甘肅行中書省管轄，管理軍政事務(wù)，總管府駐黑城，亦稱哈拉浩特。
明朝時(shí)期，北元和瓦剌勢(shì)力先后占據(jù)阿拉善地區(qū)。
洪武五年（1372年），明軍西路軍5萬(wàn)騎出塞，兵鋒直指亦集乃路，哈拉浩特守將卜顏帖木爾戰(zhàn)敗，黑城廢棄。
明中期以后，為蒙古達(dá)延汗屬部的游牧地。
清朝初年，蒙古鄂爾多斯部額琳沁、固魯岱青游牧阿拉善地區(qū)。
順治六年（1649年），因大札木蘇叛亂，所部移牧河套地區(qū)。
康熙十五年（1676年），衛(wèi)拉特準(zhǔn)噶爾部首領(lǐng)噶爾丹擊敗和碩特部首領(lǐng)鄂齊爾圖汗。
康熙十六年（1677年），固始汗（又譯顧實(shí)汗）之孫和羅理率和碩特余部自新疆遷徙，途經(jīng)青海大草灘，移牧阿拉善地區(qū)。
康熙三十六年（1697年），設(shè)旗編佐，正式設(shè)置阿拉善和碩特旗。
康熙三十七年（1698年），徙牧于伏爾加河流域的土爾扈特部阿玉奇汗族弟納扎爾瑪穆特之子阿喇布珠爾率部赴西藏禮佛，歸路被阻，請(qǐng)求內(nèi)附，清廷賜牧黨河、色爾騰地方，此舉較土爾扈特部渥巴錫汗率部東歸早73年。
雍正七年（1729年），阿喇布珠爾之子丹忠晉封多羅貝勒。
雍正九年（1731年）以后移牧額濟(jì)納河流域。
乾隆十八年（1753年），設(shè)額濟(jì)納舊土爾扈特旗。
兩旗上不設(shè)盟，直屬清廷理藩院管轄。
中華民國(guó)時(shí)期，阿拉善和碩特旗、額濟(jì)納舊土爾扈特旗直屬中央行政院蒙藏委員會(huì)管轄，寧夏護(hù)軍使和寧夏省兼管兩旗。
期間，原屬阿拉善和碩特旗的磴口巴格（鄉(xiāng)）設(shè)縣級(jí)建制。
1949年9月23日，阿拉善和碩特旗和平解放。
1949年9月27日，額濟(jì)納舊土爾扈特旗和平解放。
1949年11月，成立額濟(jì)納旗自治區(qū)人民政府。
1950年3月，成立阿拉善和碩特旗自治區(qū)人民政府。
1954年4月，成立寧夏省蒙古自治區(qū)，轄阿拉善旗和磴口縣，為專區(qū)級(jí)地方政權(quán)，隸屬寧夏省管轄。
1954年10月，因?qū)幭氖〗ㄖ瞥蜂N并入甘肅省，寧夏省蒙古自治區(qū)易名甘肅省蒙古自治區(qū)。
1955年3月，甘肅省蒙古自治區(qū)改稱甘肅省蒙古自治州，額濟(jì)納旗自治區(qū)更名為額濟(jì)納自治旗。
1955年11月，甘肅省蒙古自治州易名甘肅省巴音浩特蒙古族自治州。
1956年2月，設(shè)立巴彥淖爾盟，轄阿拉善旗、額濟(jì)納旗、磴口縣和巴彥浩特市，歸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1958年4月，巴彥淖爾盟與河套行政區(qū)合并，為內(nèi)蒙古自治區(qū)派出機(jī)構(gòu)，盟府遷至三盛公；同年8月，巴彥浩特市撤銷，為鎮(zhèn)級(jí)建制。
1961年4月，阿拉善旗分設(shè)阿拉善左旗和阿拉善右旗。
1969年7月，阿拉善左旗劃給寧夏回族自治區(qū)，阿拉善右旗、額濟(jì)納旗劃給甘肅省。
1979年7月，阿拉善左旗、額濟(jì)納旗、阿拉善右旗劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1980年5月，成立阿拉善盟，隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)，為地區(qū)級(jí)建制。