紅旗滿族鎮(zhèn)原屬蓋州市。
偽滿洲國(guó)時(shí)期，鎮(zhèn)內(nèi)各村分屬廂黃旗和紅旗堡2村。
民國(guó)三十四年（1945年）冬，蓋平縣解放，劃歸蘆屯區(qū)。
民國(guó)三十五年（1946年），國(guó)民黨進(jìn)駐，恢復(fù)日偽區(qū)劃。
民國(guó)三十六年（1947年），紅旗鎮(zhèn)重新劃歸蘆屯區(qū)。
1958年6月，成立正藍(lán)旗鄉(xiāng)，下設(shè)6村，后改紅旗公社。
1968年5月，成立革命委員會(huì)。
1983年9月，撤公社建紅旗鄉(xiāng)。
1984年6月，成立紅旗滿族鄉(xiāng)。
1995年12月10日，紅旗滿族鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。