清朝時期，皇姑地區(qū)是一片農(nóng)田，有幾個村屯，幾十戶農(nóng)家。
光緒三十三年（1907年），京奉鐵路設皇姑屯車站，從此，這一地區(qū)興起工業(yè)、商業(yè)和運輸業(yè)，居民不斷增加，逐漸形成城鎮(zhèn)。
民國十八年（1929年），劃歸沈陽市第六區(qū)管轄。
民國二十年（1931年），“九·一八”事變后，屬偽奉天省沈陽縣第九區(qū)管轄。
民國二十六年（1937年）末，皇姑地區(qū)劃歸偽奉天市轄城區(qū)。
民國二十七年（1938年）1月，皇姑區(qū)包括當時的皇姑、北陵兩區(qū)公所。
民國三十六年（1947年）9月1日，沈陽市由17個區(qū)改劃為24個區(qū)，將皇姑區(qū)西部劃出，設塔灣區(qū)。
民國三十七年（1948年）11月20日，沈陽解放后，沈陽特別市政府命令，將原皇姑、北陵、塔灣三個區(qū)合并為皇姑區(qū)，成立皇姑區(qū)政府，同時在皇姑區(qū)內(nèi)設北陵分區(qū)。
民國三十八年（1949年）6月，成立皇姑區(qū)人民政府。
1955年5月，改稱皇姑區(qū)人民委員會。
1966年，“文化大革命”初期，皇姑區(qū)曾更名為紅衛(wèi)區(qū)。
1968年6月24日，沈陽市革委會決定恢復皇姑區(qū)名稱。
1968年7月，皇姑區(qū)人民委員會改為皇姑區(qū)革命委員會。
1980年9月，改稱皇姑區(qū)人民政府。