十三碑亭位于孔廟第六進院落的東西兩門之間,奎文閣后,專為保存封建皇帝御制石碑而建,習稱“御碑亭”,亦即大成門前東西兩側院內。道南8座,道北5座,參差錯落,兩行排列。十三碑亭均為木構,呈正方形,重檐八角,彩繪斗拱。
十三碑亭充分體現(xiàn)了孔子在封建社會的地位,其中金碑亭為孔廟中最早的古建筑。十三碑亭中,矗立著唐、宋、元、明、清各個朝代的各類御碑55方。中金代碑亭2座,約建于金明昌二年至六年的大修工程中,是孔廟現(xiàn)存最古老的建筑;元代碑亭2座,分別建于元大德六年和元至元五年;清代碑亭9座,其中御制碑亭5座,遣官致祭碑亭4座,分別建于康熙、雍正、乾隆年間。