早在西漢初期，松原市一帶便建立了中國東北地區(qū)第一個地方農(nóng)業(yè)制國家——扶余國（都城長春），扶余國的農(nóng)業(yè)、畜牧業(yè)已經(jīng)十分發(fā)達，開創(chuàng)了中國北疆歷史文化的先河。
清代，今吉林省松原市扶余一帶屬吉林將軍伯都訥副都統(tǒng)轄地，副都統(tǒng)駐伯都訥城。
伯都訥城是清初“邊外”（柳條邊）七大軍事重鎮(zhèn)之一。
清康熙二十一年（1682年），設(shè)立伯都訥站，是寧古塔將軍境內(nèi)西部通往齊齊哈爾城的重要通道。
清康熙三十二年（1693年），在伯都訥驛站南20里處建新城，名伯都訥新城（今扶余鎮(zhèn)），添設(shè)伯都訥副都統(tǒng)專城駐防。
清嘉慶十六年（1811年），設(shè)置伯都訥廳，駐伯都訥新城，同時設(shè)分防巡檢一員，駐孤榆樹屯（今榆樹市），隸屬伯都訥廳。
清光緒三十二年正月二十二日（1906年2月15日），伯都訥廳升改新城府，駐新城，與伯都訥副都統(tǒng)同城；孤榆樹屯巡檢改設(shè)榆樹縣，由新城府領(lǐng)。
翌年4月，裁將軍，改隸吉林行省西北路道。
清宣統(tǒng)元年四月十五日（1909年6月2日）批準，裁撤伯都訥副都統(tǒng)。
民國二年（1913年）3月，改為新城縣。
隸屬吉林省西北路道。
民國三年（1914年）2月，因與河北、山東等省新城縣重名，奉令改稱扶余縣。
同年6月，西北路道改稱濱江道，隸屬濱江道。
民國六年（1917年）建國方略完稿，革命先行者孫中山先生在著名的《建國方略》中曾構(gòu)想在松嫩兩江交匯處設(shè)立一個“東鎮(zhèn)”作為東北樞紐城，這里的“東鎮(zhèn)”就是松原。
民國十八年（1929年）2月，廢止道制，由吉林省直轄。
東北淪陷后，隸屬吉林省管轄。
民國三十四年（1945年），“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，初隸吉江行政區(qū)，民國三十五年（1946年）5月，劃歸嫩江省管轄。
1949年5月，劃歸吉林省管轄。
1956年，隸屬公主嶺專區(qū)，1958年10月改隸白城專區(qū)。