南京街道建制歷史悠久。
清光緒三十四年（1908），為省城第三警察區(qū)所轄。
1929年成立吉林市政籌備處，原警察區(qū)改為行政區(qū)，為吉林市第三區(qū)所轄。
1936年屬朝陽(yáng)區(qū)事務(wù)所管轄，沿用保甲制。
1938年8月，廢保甲，設(shè)朝陽(yáng)、陽(yáng)明兩個(gè)町會(huì)。
1941年8月，改町會(huì)為朝陽(yáng)、陽(yáng)明兩個(gè)區(qū)。
1946年，國(guó)民黨政府占領(lǐng)吉林市期間，設(shè)朝陽(yáng)聯(lián)保、東萊聯(lián)保。
隸屬朝陽(yáng)區(qū)公所。
1948年吉林市解放后，置朝陽(yáng)和東萊兩個(gè)閭，下為鄰，隸屬于朝陽(yáng)區(qū)人民政府。
8月13日改成朝陽(yáng)街政府和東萊街政府。
1949年8月16日，撤銷街政府，街政工作歸屬南馬路公安派出所。
1950年11月，恢復(fù)街政權(quán)，置南馬路、朝陽(yáng)兩個(gè)街公所，劃歸第三區(qū)（通天區(qū)，1953年4月25日改為二區(qū)）所轄。
1954年1月12日，南馬路、朝陽(yáng)兩街道劃歸昌邑區(qū)。
并分別易制為街道居民委員會(huì)。
1955年4月19日，南馬路、朝陽(yáng)兩個(gè)街道居民委員會(huì)分別易稱街道辦事處。
1958年12月19日，通天區(qū)撤銷，南馬路、朝陽(yáng)兩個(gè)街道辦事處分別易制為管理區(qū)，隸屬于昌邑人民公社。
1960年8月1日，南京路、朝陽(yáng)兩個(gè)管理區(qū)合并為南馬路分社。
1962年3月28日，南馬路分社易制為南京路街道辦事處。
1964年1月11日，隨著吉林市區(qū)劃再次調(diào)整，原昌邑區(qū)屬大東門(mén)、民生路兩個(gè)街道辦事處轄區(qū)由南京路、自由路東劃歸南馬路街道。
1965年8月10日，南馬路街道改稱南京街道。
1968年9月18日，南京街道辦事處改稱南京街道革命委員會(huì)。
1980年11月4日，恢復(fù)南京街道辦事處。
1992年吉林市再次區(qū)劃調(diào)整，南京街道辦事處劃歸船營(yíng)區(qū)管轄，沿用至今。