黃旗街道辦事處原名黃旗屯街道辦事處。
在前中華民國、日偽政府和國民黨統(tǒng)治時期，屬永吉縣第二區(qū)。
1942年后隸屬吉林市白山區(qū)至誠町會。
1945年隸屬吉林市白山分區(qū)黃旗屯系，為至誠聯(lián)保。
1948年3月9日吉林市解放后該地叫西團子村。
1950年改叫西團子山子村與西南窯村合并改為黃旗屯街道，并設(shè)立辦事處。
1956年農(nóng)業(yè)合作化時，由菜民和農(nóng)民組織起來，改為高級社。
在1958年大辦人民公社時，臨江門以西地區(qū)成立東風(fēng)人民公社，黃旗屯街道歸新成立的東風(fēng)管理區(qū)。
1958年末，由于體制改革，東風(fēng)管理區(qū)解散，成立吉興管理區(qū)。
1959年劃歸白山公社管理。
1963年歸吉林市船營區(qū)改名為黃旗屯街道辦事處。
1966年又改名為長春路街道辦事處。
1979年4月1日由長春路街道辦事處分出后，又叫黃旗屯街道辦事處。
2005年經(jīng)船營區(qū)政府批準改稱黃旗街道辦事處，沿用至今。