商周時期相傳屬“揚州之域”。
春秋屬吳、越。
戰(zhàn)國屬楚。
秦屬鄣郡。
漢屬丹陽郡歙縣地。
三國吳屬新都郡休陽縣地。
晉屬新安郡海陽（海寧）縣地。
隋屬歙州休寧縣地。
唐開元二十八年（740）正月初八，析休寧縣回玉鄉(xiāng)和樂平縣懷金鄉(xiāng)，縱橫二百余里，立婺源縣，治設(shè)清華，隸屬歙州。
天復元年（901），縣治由清華遷移至弦高鎮(zhèn)（今蚺城街道）。
宋宣和三年（1121），隸屬徽州。
元屬徽州路。
元貞元年（1295），升為婺源州。
明屬徽州府。
明洪武二年（1369），降州為縣。
清仍明制，廢府留縣，1912年，婺源縣直隸安徽省。
1914年屬蕪湖道。
1932年屬安徽省第十行政區(qū)。
1934年劃屬江西省，次年屬江西省第五行政區(qū)。
1947年屬安徽省第七行政區(qū)。
1949年5月復屬江西省，屬華東區(qū)贛東北行政區(qū)浮梁縣專區(qū)，同年9月改屬江西省樂平專區(qū)，11月重屬江西省浮梁專區(qū)。
1952年10月，劃歸江西省上饒專區(qū)。
1970年屬上饒地區(qū)。
2000年6月屬上饒市至今。