1949年前為南港鄉(xiāng)。
1949年為磻村區(qū)梅沙、上梅、上簡、干田、馬湖、北港鄉(xiāng)。
1956年為翰堂區(qū)的北港、干田鄉(xiāng)。
1956年由42個初級社轉(zhuǎn)為21個高級社。
1957年撤區(qū)并鄉(xiāng)為南港鄉(xiāng)。
1958年冬轉(zhuǎn)為南港人民公社。
次年與翰堂公社合并為磻村公社（駐磻村）。
1962年恢復(fù)南港公社。
1984年改為南港鄉(xiāng)。
1998年改為南港鎮(zhèn)。
2003年稅費配套改革，撤銷石頭坑村、里田村、螢火村、茶蔸村、東胡村、瑤下村、白水坑村，成建制劃入相鄰村，廟前、大窩里村劃歸南港鎮(zhèn)。
2004年春，大廟鄉(xiāng)，蒙山林場劃歸合并南港鎮(zhèn)。
2005年，蒙山林場的長坑、鳥坑2個分場改設(shè)村委會（后因重名，改為場坑、鳥坑）。