清同治十二年（1874）始置馬垱鎮(zhèn)。
1949年前分屬安徽省東流縣香隅鄉(xiāng)與彭澤縣馬垱鄉(xiāng)、馬路鄉(xiāng)。
1949年5月屬2區(qū)（馬垱區(qū)）青山、馬垱、楊柳、太泊和3區(qū)（馬路區(qū)）南壟等鄉(xiāng)。
1955年有35個(gè)初級(jí)社，1957年合為14個(gè)高級(jí)社。
1958年成立馬垱人民公社。
1961年劃出茅店、雙合、辰字、紅星、大畈等大隊(duì)入泉山公社（今龍城鎮(zhèn)）。
1975年劃出太泊、新進(jìn)兩大隊(duì)入彭澤縣棉花原種場(chǎng)。
1984年名馬垱鄉(xiāng)，1992年更名為馬垱鎮(zhèn)，沿用至今。
2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)將和團(tuán)鄉(xiāng)并入。