清朝乾隆八年（1744），永新、安福兩縣共劃出三十二都，地置蓮花廳，治仍設于蓮花橋，稱吉安分防府，至咸豐二年（1852）改稱吉安撫民府蓮花廳。
1912年，全省廢13府，州所一律改縣治，改設為蓮花縣，縣治設琴亭鎮(zhèn)，轄4個區(qū)18個鄉(xiāng)，1914年，全省分4道，蓮花縣屬廬陵道，1926年，廢道，縣直隸省轄。
1928年7月，蓮花縣屬蘇維埃湘贛邊特區(qū)；1930年2月，屬贛西南特區(qū)；1930年10月，屬湘東南特區(qū)。
1932年，蓮花縣屬第十行政監(jiān)察區(qū)；1935年4月24日，蓮花縣屬第三行政督察區(qū)。
1949年8月14日，隸屬吉安專區(qū)。
1949年8月，全縣劃分為6個臨時行政區(qū)，不久改為5個區(qū)。
1950年5月，共轄6個行政區(qū)；1952年6月，全縣劃分為7個區(qū)。
1956年3月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，全縣共設20個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
1968年，吉安地區(qū)改稱井岡山地區(qū)，屬井岡山地區(qū)。
1959年1月政社合一，將20個鄉(xiāng)鎮(zhèn)撤并調整為9個人民公社。
1959年4月，原9個人民公社劃分為15個人民公社。
1960年6月，15個人民公社合并為5個人民公社。
1960年11月，5個人民公社劃分為15個人民公社。
1961年4月，轄6個區(qū)20個人民公社。
1961年6月，全縣劃分8個管轄區(qū)1個鎮(zhèn)，下轄47個人民公社。
1963年10月，撤區(qū)并社，全縣劃分為18個人民公社。
1968年10月，全縣劃分為10個人民公社。
1976年10月，全縣劃分為16個人民公社。
1979年井岡山地區(qū)改稱為吉安地區(qū)，蓮花縣屬吉安地區(qū)。
1984年3月，設寒山鄉(xiāng)，共轄18個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1992年劃歸萍鄉(xiāng)市管轄。
1999年3月，共轄12個鄉(xiāng)6個鎮(zhèn)。
2001年8月，共轄9個鄉(xiāng)，6個鎮(zhèn)。
2005年3月，共轄8個鄉(xiāng)5個鎮(zhèn)，5個居民委員會，157個村民委員會。