北宋太平興國七年（982）劃于都縣東南六鄉(xiāng)于九州鎮(zhèn)置會昌縣，屬江南西路之虔州。
1231年升會昌為軍，1269年復為縣，屬贛州。
1297年升為州，轄瑞金縣。
1369年復為縣，屬贛州府。
1912年，屬江西省。
1912年，屬江西省。
1914年屬贛南道。
1926年復屬江西省。
1931年10月成立會昌縣革命委員會，隸中央蘇維埃政府。
1932年1月，撤銷會昌縣革命委員會，成立會昌縣蘇維埃政府。
1932年7月，會昌、尋烏、安遠聯合成立中心縣委，鄧小平同志任縣委書記。
1933年7月，會昌縣劃分為會昌、西江、門嶺三縣，均屬粵贛省。
1934年10月，會昌、西江、門嶺縣蘇維埃政府先后解體，復為一縣，至1949年7月，均屬省第八行政區(qū)（寧都專區(qū)）。
1949年8月22日，成立會昌縣人民政府，屬贛州專署。
1999年7月，隸屬地級贛州市至今。