皂河古鎮(zhèn)于明末清初漸成集市，是一座具有近四百年歷史的“文化古鎮(zhèn)、水鄉(xiāng)古鎮(zhèn)”，清道光年間（1821-1850年），屬順德鄉(xiāng)。
1912年，為皂河鄉(xiāng)，先后屬第七、一區(qū)。
1937年，先后屬泗宿縣皂河區(qū)、第五區(qū)。
1949年，劃歸宿遷縣，為皂河區(qū)皂河鎮(zhèn)。
1954年9月改為縣直屬鎮(zhèn)。
1957年1月，撤區(qū)并鄉(xiāng)時，由皂河鎮(zhèn)、劉甸鄉(xiāng)、王營鄉(xiāng)組成皂河鄉(xiāng)，屬運河區(qū)。
1958年為皂河公社。
1983年為皂河鄉(xiāng)。
1985年為皂河鎮(zhèn)。
2000年5月，濱河鎮(zhèn)、駱馬湖鄉(xiāng)并入皂河鎮(zhèn)。
2021年3月，黃墩鎮(zhèn)并入皂河鎮(zhèn)。