淮陰縣在西周時期地跨徐揚二州。
春秋后期屬吳，吳被滅后屬越。
周貞定王二十四年（前445），楚國屢侵泗水流域，淮陰歸屬時越時楚，后來終屬楚。
秦王政二十四年（前223），秦滅楚，在淮河（今廢黃河）南岸置縣隸屬東�？�，始名淮陰縣。
西漢初，析淮陰縣西南地域置富陵縣，漢高祖六年（前201），封韓信為淮陰侯，淮陰為其封邑。
武帝元狩六年（前117），至臨淮郡，淮陰、富陵屬之。
新莽時改淮陰為嘉信。
東漢永平十五年（72），分臨淮郡故地立下邳國。
三國時屬魏。
晉太康三年（282），廣陵郡治遷至淮陰。
南朝劉宋泰始三年（467），淮北被北朝占領(lǐng)，劉宋于淮陰僑立兗州，也稱北兗州。
隋初，設(shè)為淮陰縣。
北宋時，依舊稱淮陰縣。
南宋建炎元年（1127），劃出淮陰縣西境置吳城縣，三年后又復(fù)歸淮陰縣。
至元二十年（1283），把淮陰縣并入山陽縣。
明至清乾隆二十七年（1762），淮陰縣的體制和元時一樣。
1914年，清河縣恢復(fù)淮陰縣舊名（因與直隸省清河縣同名之故）。
1948年12月，人民解放軍解放淮陰城，城區(qū)與淮安合組為兩淮市，市府駐清江浦；農(nóng)村仍為淮陰縣，縣府駐王營鎮(zhèn)。
次年3月，撤銷兩淮市，清江浦復(fù)歸淮陰縣。
1958年8月，清江市與淮陰縣合并，成立淮陰市。
1964年10月，市縣再次分置為淮陰縣和清江市。
1972年淮陰縣政府遷至王營鎮(zhèn)。
1948—1983年淮陰縣均隸屬于淮陰專員公署。
1983年3月，江蘇省實行市管縣體制，撤銷淮陰地區(qū)專員公署，設(shè)立淮陰市，淮陰縣為其屬縣。
2001年1月12日，撤銷淮陰縣，改設(shè)為淮安市淮陰區(qū)。