鼓樓區(qū)歷史源遠流長，是南京城區(qū)開發(fā)較早地區(qū)之一，五六千年前就有多處原始村落存在。
周顯王三十六年（前333），楚威王熊商在石頭山置金陵邑，此為鼓樓區(qū)境第一個行政建置，也是南京城區(qū)建置之始。
秦始皇嬴政三十七年（前210），金陵邑改為秣陵縣，增設(shè)江乘縣，現(xiàn)區(qū)境北部屬江乘縣、南部屬秣陵縣。
西漢至唐代，區(qū)境隸屬名稱、地界劃分多有變更。
五代楊吳天祐十四年（917）至清末，區(qū)境均為江寧、上元兩縣管轄。
明初，筑南京城墻，區(qū)境主體部分圈入內(nèi)城，其余部分也在外廓之內(nèi)。
1933年，設(shè)南京市第六區(qū)。
1939年1月，改為南京市第四區(qū)。
1942年1月，改為南京市自治實驗區(qū)。
1945年，復(fù)稱南京市第六區(qū)。
1950年6月，更名為南京市新五區(qū)（亦稱第五區(qū)）。
1955年，更名為鼓樓區(qū)。
1958年并王陵區(qū)、環(huán)城區(qū)淮海東西路以北區(qū)域入鼓樓區(qū)。
1960年5月，改為鼓樓區(qū)人民公社。
1962年10月，復(fù)為鼓樓區(qū)。
1967年3月，更名延安區(qū)，1973年11月，復(fù)稱鼓樓區(qū)。
2013年2月19日，鼓樓區(qū)、下關(guān)區(qū)合并設(shè)立新的鼓樓區(qū)。