晚清時(shí)期屬感化鄉(xiāng)；民國(guó)時(shí)期屬第三區(qū)；1950年成立鐘垸村公所；1953年成立初級(jí)合作社；1957年轉(zhuǎn)入高級(jí)合作社；1958年9月改為荷葉生產(chǎn)大隊(duì)，愛國(guó)生產(chǎn)大隊(duì)，屬衛(wèi)星人民公社所轄；1962年荷葉和愛國(guó)合并為鐘垸生產(chǎn)大隊(duì)，屬隔蒲區(qū)；1975年撤區(qū)并社時(shí)鐘垸大隊(duì)屬隔蒲公社所轄；1984年元月正式設(shè)立鐘垸村民委員會(huì)，屬隔蒲潭鎮(zhèn)。
2021年8月，廟頭村港灣、學(xué)堂灣2個(gè)居民點(diǎn)合并調(diào)整到鐘垸村，屬隔蒲潭鎮(zhèn)管轄。