唐、虞、夏時，團山區(qū)屬西貢荊州之城；商時，為荊楚之地；西周時，乃楚國屬地；秦始皇二十三年（前224），屬南郡；漢，置南郡十八個縣，屬湖南華容一隅；三國時，乃隸屬于華容縣；西晉太康五年（284），團山屬石首縣；東晉、南朝梁代，團山屬華容縣；唐高祖武德四年（621），復置石首縣，團山區(qū)屬石首縣；宋、元時期，為江陵府地域；明、清時期，團山屬荊州府之地；1911年，的辛亥革命，推翻帝制，建立民國，廢府建縣設(shè)區(qū)，團山區(qū)屬石首縣南鄉(xiāng)和西鄉(xiāng)；1912年，屬石首縣西二區(qū)；1919年，團山屬石首縣南鄉(xiāng)一區(qū)鄭家坊；1926年，團山屬石首縣南一區(qū)和西二區(qū)；1920年，團山屬石首縣第五區(qū)和第八區(qū)；1933年，團山屬石首縣第四區(qū)和第五區(qū)；1936年，屬石首縣第二區(qū)；1942年，團山撤區(qū)建鄉(xiāng)，屬三民鄉(xiāng)和三合鄉(xiāng)；1948年，團山屬民生鄉(xiāng)和合興鄉(xiāng)；1949年7月31日，全區(qū)解放，沿用舊制數(shù)月；1949年11月，團山區(qū)正式成立；1951年6月，團山區(qū)劃分為第五區(qū)；1952年9月，團山區(qū)（第五區(qū)）改為第七區(qū)；1953年，團山區(qū)（第七區(qū)）改為第六區(qū)；1956年5月，撤區(qū)建立團山指導組；1957年11月，撤銷團山指導組，恢復團山區(qū)；1958年9月，團山區(qū)改為人民公社；1961年5月，團山人民公社又改為團山區(qū)；1974年9月，團山區(qū)劃分為團山人民公社和四新人民公社（1980年四新人民公社更名為茅草街人民公社）；1984年1月，撤團山、茅草街兩個公社合并復置團山區(qū)，區(qū)公所所在地為在現(xiàn)團山寺鎮(zhèn)；1987年10月，團山區(qū)設(shè)為團山寺鎮(zhèn)，分鎮(zhèn)域北部為高陵鎮(zhèn)，分鎮(zhèn)域東部為久合垸鄉(xiāng)。