明朝屬麻城縣亭川鄉(xiāng)轄，清咸豐、光緒年間仍屬亭川鄉(xiāng)轄，民國屬第三區(qū)、第四區(qū)，東木區(qū)轄。
1956年合作化時期為東木區(qū)木子店鄉(xiāng)雷風二、三社，1958年為東風人民公社木子店六中隊，1961年撤區(qū)并社前為東木區(qū)木子店公社六大隊，1975年撤區(qū)并社后改為丁家坳公社新河大隊，1981年更名為木子店公社邱家垱大隊。
1984年2月為木子區(qū)木子店鄉(xiāng)邱家垱村。
1987年9月為新分設的木子店鎮(zhèn)邱家垱村，1993年8月為原木子店鎮(zhèn)、東古城鄉(xiāng)合并后的木子店鎮(zhèn)邱家垱村至今。