清朝同治十年（1871年）全縣為4鄉(xiāng)，所轄地段屬黃陂縣崇義鄉(xiāng)，民國二十二年（1933年）全縣設6區(qū)，所轄地段屬黃陂縣四區(qū)，民國二十六年（1937年）全縣設四區(qū)，所轄地段屬黃陂縣四區(qū)，民國三十四年（1945年）全縣劃分鄉(xiāng)鎮(zhèn)，所轄地段屬黃陂縣尚武鄉(xiāng)，1949年所轄地段屬黃陂縣張家店區(qū)光復鄉(xiāng)，1952年所轄地段屬十四區(qū)同興鄉(xiāng)，1955年為紅旗、紅勝兩個合作社歸祁家灣區(qū)同興鄉(xiāng)管轄。
1958年為紅利、紅衛(wèi)兩大隊；1966年兩個大隊合并始稱紅旗；1971年并入紅勝的三個自然村，仍稱紅旗；1980年應重名，以境內(nèi)原有一座尼姑庵-永昌庵命名為永昌庵大隊；1984年改為紅旗村，并成立村民委員會至今；1958年屬紅光人民公社；1959年屬祁家灣區(qū)；1969年屬五嶺公社；1986年屬土廟鎮(zhèn)；2001年土廟鎮(zhèn)與祁家灣街道合并后屬祁家灣街道。