1885年-1911年屬興仁鄉(xiāng)博愛里清湖保管轄，1912年屬鎮(zhèn)福鄉(xiāng)（燕子坪）管轄。
1929年縣蘇維埃成立，為三溪保，屬三區(qū)（駐地燕子坪)桃山鄉(xiāng)管轄。
1934年強(qiáng)化保甲制度，為三溪甲，屬二區(qū)（駐地溪甲，今溪坪)百順橋聯(lián)保桃山保管轄。
1935年縮減并區(qū)，為三溪甲，屬三區(qū)（駐地燕子坪）百順橋聯(lián)保桃山保管轄，1941年廢聯(lián)保設(shè)鄉(xiāng)，屬下坪區(qū)燕子鄉(xiāng)桃山保管轄。
1950年廢舊制改保為村，為三溪村，屬二區(qū)（駐地燕子坪）桃山鄉(xiāng)管轄。
1951年建立鄉(xiāng)政權(quán)，村改稱鄉(xiāng)，為三溪村，屬燕子區(qū)桃山鄉(xiāng)管轄。
1955年屬二區(qū)（駐燕子坪）桃山鄉(xiāng)管轄。
1956年縮減并鄉(xiāng)，屬燕子區(qū)桃山鄉(xiāng)管轄。
1958年人民公社化時(shí)期，合作社改稱大隊(duì)，為三溪大隊(duì)，屬燕子人民公社（衛(wèi)星人民公社）桃山管理區(qū)管轄。
1959年人民公社整頓，為三溪大隊(duì)，屬燕子公社桃山管理區(qū)管轄。
1960年恢復(fù)區(qū)建制，為三溪大隊(duì)，屬五里區(qū)清湖公社管轄。
1965年設(shè)燕子區(qū)，屬燕子區(qū)桃山公社管轄。
1975年撤區(qū)并社，為三溪大隊(duì)，屬清湖公社三溪管理區(qū)管轄。
1984年恢復(fù)區(qū)鄉(xiāng)行政區(qū)劃，為三溪村，屬燕子區(qū)桃山鄉(xiāng)管轄。
1997年1月撤區(qū)建鄉(xiāng)，三溪村屬燕子鄉(xiāng)桃山管理區(qū)管轄。
2001年6月，撤銷管理區(qū)，三溪村屬燕子鄉(xiāng)清湖工作片區(qū)管轄。
2013年燕子鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，三溪村屬燕子鎮(zhèn)管轄5組至今。