明朝屬香溪鎮(zhèn)，清朝屬香溪鄉(xiāng)，民國時期屬香溪鄉(xiāng)六保（龍王嘴）、十一保（白沙頭、渡船口）、十二保（葉家河）；1950年5月設(shè)置萬古村，屬香溪區(qū)，1953年1月改稱萬古鄉(xiāng)，屬第一區(qū)（香溪）。
1956年3月小鄉(xiāng)合并后建立光榮、星星、前進(jìn)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，屬第一區(qū)（香溪）萬古鄉(xiāng)；1958年11月人民公社化時設(shè)立光榮大隊(duì)、星星大隊(duì)、前進(jìn)大隊(duì)，屬香溪人民公社長春管理區(qū)；1961年4月設(shè)區(qū)建社時屬香溪區(qū)長春人民公社，1975年10月撤區(qū)并社后屬三閭?cè)嗣窆玳L春管理區(qū)；1981年3月，光榮大隊(duì)更名為萬古寺大隊(duì)，星星大隊(duì)更名為貫埡大隊(duì)，前進(jìn)大隊(duì)更名為黃陽畔大隊(duì)，屬三閭?cè)嗣窆玳L春管理區(qū)；1984年2月撤社建鄉(xiāng)時，萬古寺大隊(duì)、貫埡大隊(duì)、黃陽畔大隊(duì)分別改設(shè)為萬古寺村、貫埡村、黃陽畔村，屬三閭區(qū)官莊坪鄉(xiāng)，1985年10月改屬香溪區(qū)官莊坪鄉(xiāng)，1987年9月鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并后屬香溪鎮(zhèn)；1999年3月，萬古寺村并入貫埡村；2001年11月，貫埡村、黃埡畔村合并為萬古寺村，屬歸州鎮(zhèn)至今。