明朝時(shí)期屬龍城里，清朝時(shí)期屬后歸仁鄉(xiāng)，民國時(shí)期屬歸仁鄉(xiāng)，設(shè)立十三保（天井坪）；中華人民共和國成立后，1950年5月歸屬天井村，屬兩河區(qū)；1953年1月歸屬天井鄉(xiāng)，屬第四區(qū)（營盤）；1956年3月小鄉(xiāng)合并后建立三星農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，屬第四區(qū)（營盤）天井鄉(xiāng)；1958年11月人民公社化時(shí)，設(shè)立三星大隊(duì)，屬磨坪人民公社天井管理區(qū)；1961年4月設(shè)區(qū)建社時(shí)屬磨坪區(qū)天井人民公社；1975年10月撤區(qū)并社后屬磨坪人民公社天井管理區(qū)；1981年3月，三星大隊(duì)更名為三墩巖大隊(duì)；1984年2月三墩巖大隊(duì)改稱為三墩巖村，屬磨坪區(qū)天井鄉(xiāng)；1987年9月鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并后屬磨坪鄉(xiāng)；2001年3月合村并組后，為三墩巖村，屬磨坪鄉(xiāng)至今。