清朝多沿明制，清朝光緒七年（1881）至宣統(tǒng)三年（1911），屬東鄉(xiāng)老鴉峪團轄。
屬栗子坪聯(lián)保、黃柏溝聯(lián)保區(qū)域；民國元年民國二十年（1931）賀龍率紅三軍來到房縣，開展土地革命，在萬峪河建立了列家坡蘇維埃鄉(xiāng)政府，地址是現(xiàn)萬峪河鄉(xiāng)老人坪村列家坡；民國二十一年，屬二區(qū)；民國二十三年，青玉鎮(zhèn)（青峰），雷栗鄉(xiāng)（栗子坪）；民國二十四年12月，又恢復二區(qū)設玉堤店；民國二十四年12月15日，撤銷區(qū)公所，并區(qū)署，青峰鎮(zhèn)（二區(qū)），下屬栗子坪聯(lián)保，轄6保；民國二十五年6月3日，廢聯(lián)保為鄉(xiāng)，區(qū)不變，屬栗子坪鄉(xiāng)；民國三十二年12月10日，撤銷青峰區(qū)署鄉(xiāng)不變；民國三十五年5月，屬雷栗鄉(xiāng)轄10保；1949年1月，全縣解放，屬沙河區(qū)；1950年8月，為沙河六區(qū)，轄11村；1951年7月，改村為鄉(xiāng)，鄉(xiāng)下為閭；1952年8月7日，屬沙河六區(qū)轄13鄉(xiāng)，其中長青、雷坪、平原、班河、雙嶺、萬峪屬現(xiàn)在萬峪河鄉(xiāng)轄區(qū)；1953年，鄉(xiāng)下閭改為初級社，1955年由初級社改為高級社；1956年3月，全縣由195個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）合并為96個大鄉(xiāng)，屬沙河鄉(xiāng)區(qū)轄9個鄉(xiāng)，其中班河、萬峪、長青屬現(xiàn)在萬峪河鄉(xiāng)；1958年11月11日，將原來的區(qū)、鄉(xiāng)、高級農(nóng)業(yè)合作社改為人民公社，將沙河區(qū)改為沙河公社，轄9個管理區(qū)，其中班河管理區(qū)、萬峪管理區(qū)、長青管理區(qū)；三個管理區(qū)中黎明、雙嶺、小嶺、天坪、黃柏、民主、金倉、平原、白米、旱田、中院、黃土、山咀、紅巖、紅光、遠景、碾灣、林溝、上坪、大堰、雷坪、藨湖等大隊屬現(xiàn)萬峪河鄉(xiāng)轄區(qū)；1961年6月20日，恢復沙河區(qū)（六區(qū)），增劃雙溝、清河公社；1975年3月，撤區(qū)并社。
將原萬峪、峪河、班河、長青公社合并為萬峪公社；1977年11月5日，撤消沙河區(qū)建制，沙河公社與萬峪公社合并為萬峪公社，社址萬峪河；1981年2月18日，萬峪公社更名沙河公社，社址八道河；1982年沙河公社移址魏家坪。
其中迎新、民主、天坪、黎明、中心、聯(lián)盟、雙嶺、平原、建設、光明、黃土、燎原、山咀、曙光、紅巖、建國、大堰、工農(nóng)、碾灣、上坪、紅光、遠景、藨湖等大隊屬現(xiàn)萬峪河鄉(xiāng)轄區(qū)；1984年6月，撤銷公社、大隊、生產(chǎn)隊，建立區(qū)、鄉(xiāng)、村、居民組。
恢復沙河區(qū)，其中班河、萬峪河、老人坪三個鄉(xiāng)為現(xiàn)在的萬峪河鄉(xiāng)；1987年，撤區(qū)并鄉(xiāng)后由（萬峪河、班河、老人坪）三個小鄉(xiāng)合為萬峪河鄉(xiāng)，轄下25個村和一個林場（旱田、中院、谷場、白米、大堰、老人坪、長灘河、小坪、栗子坪、代家坡、山咀、黃土、紅巖、筒子溝、林溝、碾灣、雷坪、藨湖、雙嶺、天坪、大水田、建設、金倉、班河、古竹園、采育場）；2001年3月19日，萬峪河鄉(xiāng)由原25個村合并為十一個村和一個林場（旱田與黃土合并為旱田村，中院、山咀合并為中院村，谷場與紅巖合并為谷場村，白米與代家坡合并為白米村，大堰、藨湖村一組合并為大堰村，雷坪、藨湖村二、三組合并為雷坪村，老人坪、碾灣、林溝合并為老人坪村，長灘河與筒子溝合并為長灘村，小坪、雙嶺、天坪、合并為小坪村，栗子坪、古竹園合并為栗子坪村，金倉、班河村四組合并為金倉村，大水田、建設、班河村一、二、三組與采育場合并為白云觀林場），劃分為三個片（萬峪河、班河、老人坪）；2005年，萬峪河鄉(xiāng)由十一個村和一個林場合并為9個村，長灘、老人坪、旱田、谷場、白米、中院不變，大堰與雷坪合并為大堰村，小坪與白云觀林場的建設、大水田、合并為小坪村，栗子坪、金倉、白云觀林場的原班河與采育場合并為栗子坪村。
現(xiàn)全鄉(xiāng)轄9個村民委員會，0.87萬人，192.2平方千米。