清雍正年間（1723-1735），荊州府監(jiān)利縣廖姓因當?shù)剡B發(fā)洪災無法居住，遷居至此，繁衍生息，屬恩施縣都亭里三甲。
民國初襲里甲制；民國十六年（1927）為梭布埡聯(lián)保第五、六、七、八保，屬恩施縣第一區(qū)；民國二十五年（1936）為梭布埡鄉(xiāng)第五、六、七、八保，屬第一北鄉(xiāng)區(qū)（熊家?guī)r）；民國二十九年（1940）裁區(qū)建鄉(xiāng)，為第三、四、五、六保，屬麂子鄉(xiāng)。
1950年設九根鄉(xiāng)，屬屯堡區(qū)；1953年為九根鄉(xiāng)，屬十區(qū)（太陽區(qū)）。
1958年為九根管理區(qū)，屬白楊公社，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產(chǎn)大隊；1961年為九根公社，屬白楊區(qū)，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產(chǎn)大隊；1968年為九根公社革命委員會，屬白楊區(qū)革命委員會，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產(chǎn)大隊；1975年為九根公社，屬白楊公社，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產(chǎn)大隊；1981年為九根樹管理區(qū)，屬白楊坪公社，下轄九根樹、香樹坪、大沙壩、火石坡、白馬塘5個生產(chǎn)大隊。
1984年為九根樹鄉(xiāng)，屬白楊坪區(qū)，下轄九根樹、香樹坪、大沙壩、火石坡、白馬塘5個村。
1997年撤區(qū)建鄉(xiāng)，為九根樹管理區(qū)，屬白楊坪鄉(xiāng)，下轄九根樹村、火石坡村、香樹坪村、大沙壩村、白馬塘村5個村。
2002年合并村組，將原九根樹村、火石坡村、香樹坪村、大沙壩村、白馬塘村合并成九根樹村，屬白楊坪鄉(xiāng)，下轄九根樹、胡家灣、香樹坪、火石坡、穿心店、天鵝池、大沙壩、長梁山、白馬塘、觀灣、槍桿嶺11個村民小組。
2013年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，為九根樹村，屬白楊坪鎮(zhèn)，下轄九根樹、胡家灣、香樹坪、火石坡、穿心店、天鵝池、大沙壩、長梁山、白馬塘、觀灣、槍桿嶺11個村民小組。