夏、商屬豫州。
西周屬沈國，豫州部。
春秋為頓國（治今平店鄉(xiāng)李崗村），前496年滅于楚。
秦置陽城縣（治今舒莊鄉(xiāng)扶蘇村），屬陳郡。
陳勝、吳廣起義時，改陽城縣為扶蘇縣。
西漢縣境置陽城（治所由扶蘇遷往今大武鄉(xiāng)城劉）、汝陽（治所在今張莊鄉(xiāng)城上村）、博陽（治所在今平店鄉(xiāng)李崗村）3縣，屬汝南郡。
王莽新政時改博陽縣為樂家縣。
東漢改陽城縣為征羌縣，汝陽、樂家2縣未變。
三國魏廢征羌、樂家2縣入汝陽縣，屬陳郡。
晉屬汝南郡。
南朝宋在今縣境內置汝陽郡，領汝陽、武津（治所在今上蔡縣崗郭村）2縣。
北魏復置征羌縣，汝陽郡領汝陽、武津、征羌3縣。
北齊廢郡，仍設汝陽縣，屬豫州。
隋開皇十六年（596）析置溵水縣。
大業(yè)初年（605）廢汝陽縣入溵水縣。
皇泰元年（618）析置扶蘇縣，溵水、扶蘇2縣同屬淮陽郡。
唐武德五年（622）廢扶蘇縣入溵水縣，屬河南道。
貞觀元年（627）屬陳州。
建中二年（781）屬溵州。
興元元年（784）屬淮陽郡。
五代屬陳州。
宋建隆元年（960）為避諱改稱商水縣，屬淮寧府。
金屬陳州。
元至元二年（1336）廢項城、南頓2縣入商水縣，后3縣復分置，屬陳州。
明洪武元年（1368）廢商水縣。
四年（1371）復置，屬陳州。
清屬陳州府。
1913年屬豫東道。
1914年屬開封道。
1927年直屬河南省。
1932年先后屬河南省第三區(qū)行政督察區(qū)、河南省第七區(qū)行政督察區(qū)。
1947年設郾商西縣。
1949年郾商西縣并入商水縣，屬淮陽專區(qū)。
1952年撤銷周口市（縣級），改為商水縣轄鎮(zhèn)，縣政府遷駐周口鎮(zhèn)。
1953年劃屬許昌專區(qū)。
1965年屬周口專區(qū)。
1969年屬周口地區(qū)。
1975年縣遷駐今商水縣城。
2000年屬周口市。