明清，屬城東鎮(zhèn)。
1912年，屬鳳山鎮(zhèn)。
1949年，建立石門(mén)鄉(xiāng)，屬三屯區(qū)。
1956年，改為石門(mén)高級(jí)社，屬三屯鄉(xiāng)。
1960年，為龍王大隊(duì)。
1962年，建立石門(mén)大隊(duì)，屬三屯公社。
1963年，又合并為新建大隊(duì)，屬三屯公社。
1965年，再次分為石門(mén)大隊(duì)，屬三屯公社。
因與柏樹(shù)公社石門(mén)大隊(duì)重名，1982年2月經(jīng)縣政府批準(zhǔn)石門(mén)大隊(duì)更名為耿溝大隊(duì)，屬三屯公社。
1984年，改為耿溝村民委員會(huì)，屬三屯鄉(xiāng)。
2011年，屬三屯鎮(zhèn)。