清代屬汝陽縣黃崗鎮(zhèn)。
1913年屬汝南縣。
1935年屬八區(qū)王崗店。
1938年分屬三區(qū)高固店、王崗東店、王崗西店聯(lián)保和四區(qū)余家店聯(lián)保。
1949年屬九區(qū)余店鄉(xiāng)、秫桿鋪鄉(xiāng)、天堂鄉(xiāng)、徐廟鄉(xiāng)、大劉莊鄉(xiāng)。
1951年分屬九區(qū)天堂寺、余店鄉(xiāng)和二區(qū)郭店、韓坡、大陳莊、路莊、張崗鄉(xiāng)。
1956年屬余店中心鄉(xiāng)余店、韓坡、路莊鄉(xiāng)。
1957年設余店鄉(xiāng)。
1958年分屬東方、先鋒公社。
1959年分屬王崗、馬鄉(xiāng)公社。
1961年分屬王崗區(qū)余店公社和馬鄉(xiāng)區(qū)天堂公社。
1962年復屬王崗、馬鄉(xiāng)公社。
1975年成立余店公社。
1981年更名為南余店公社。
1983年改設南余店鄉(xiāng)。